O megacólon secundário em crianças é frequentemente causado por tratamento inadequado de malformações anorretais ou obstipação após cirurgia de malformação anorrectal. Pode também ser secundária à obstipação causada por trauma perineal, compressão de tumor perirectal, etc. Depois do factor primário ser removido, a obstipação pode ser melhorada. Depois dos factores primários serem removidos, a dificuldade na defecação pode ser melhorada, e com um tratamento conservador, alguns dos megacólons podem ser gradualmente aliviados. Em crianças com megacólon secundário, há normalmente uma história clara de malformação rectal-anal e cirurgia perineal. A maioria deles tem vários graus de estenose anal e cicatrizes perineais. Estas características distinguem-se facilmente do megacólon congénito e idiopático. As malformações recto-anal provocam a dilatação do recto distal. Este segmento dilatado do intestino com má função peristáltica é suficiente para causar obstipação.