Quando um defeito do septo ventricular é encontrado no coração de uma criança, a primeira coisa a procurar é a localização do defeito e o seu tamanho. Se o defeito estiver localizado debaixo do tronco aórtico, perto da válvula aórtica ou perto do ápice do septo ventricular, recomenda-se uma intervenção cirúrgica precoce, uma vez que é quase impossível para o paciente curar-se por si mesmo. No caso de defeitos do septo ventricular perimembranoso, alguns pacientes podem curar-se por si próprios, por exemplo, se o defeito for inferior a 4 mm, devem ser activamente observados e depois é possível o encerramento cirúrgico ou intervencionista após um ou três anos de idade, se o defeito não cicatrizar. Contudo, se o defeito do septo perimembranoso for grande, por exemplo 1cm ou mais, há poucas hipóteses de auto-cura e os pacientes devem ser aconselhados a submeter-se a cirurgia ou a um encerramento intervencionista logo que sejam capazes de o tolerar para evitar uma hipertensão pulmonar grave.