Uma ressecção completa do quisto com uma anastomose hepática ducto-jejunostomia Roux-Y é o procedimento padrão para o tratamento radical dos cistos dos canais biliares comuns com bons resultados pós-operatórios. 210 pacientes pediátricos e 100 pacientes adultos tratados cirurgicamente foram seguidos por Yamataka et al. que descobriram que ocorreram complicações pós-operatórias em 9,0% dos pacientes pediátricos e 42,5% dos pacientes adultos. 0,0001), o que indica a importância da cirurgia precoce. Vinte e cinco complicações pós-operatórias ocorreram em doentes pediátricos, incluindo ductite biliar, pedras no ducto biliar intra-hepático, pancreatite, pedras no ducto biliar comum ou no ducto pancreático no final do pâncreas e obstrução intestinal. Isto é comparado com 27 complicações pós-operatórias em pacientes adultos. Apenas 14,5% das crianças que foram operadas após os 5 anos de idade tinham pedras no sistema biliar, em comparação com 17,5% dos adultos. Das crianças que tiveram complicações pós-operatórias, 15 foram reoperadas (quatro foram submetidas a ampliação do ducto hepático-jejunostomia, uma foi submetida a colangiopancreatografia hepática percutânea e extracção de pedras, duas foram submetidas a ressecção do coto do ducto biliar comum no pâncreas, uma foi submetida a endoscopia da papila na jugular, uma foi submetida a colangiopancreatografia percutânea-jejunostomia e seis foram submetidas a libertação de obstrução intestinal aberta). O desenvolvimento de colangite pós-operatória e de pedras nos canais biliares intra-hepáticos está intimamente relacionado com o grau de estenose da anastomose, canal biliar comum ou canal biliar intra-hepático. A estenose anastomótica pode levar à desnudação grave da mucosa do ducto hepático comum e à inflamação prolongada dos ductos biliares intra-hepáticos e resultar em estase biliar. Para evitar a reestenose da anastomose, a jejunostomia do ducto hepático deve ser realizada ao nível da porta hepática. Após a excisão do segmento estenótico do ducto hepático comum, a anastomose é realizada alargando a abertura ao longo da parede anterior do ducto hepático.