A hipertensão pulmonar em recém-nascidos não tem exactamente o mesmo efeito, dependendo da etiologia. Se a causa primária for a má adaptação vascular pulmonar, tal como a hipertensão vascular pulmonar temporária devido a hipoxia, após a correcção da hipoxia, os vasos pulmonares espásticos podem lentamente relaxar e mesmo melhorar lentamente, o que é mais fácil de tratar e a maioria deles pode ser curada. Se existem outras causas de hipertensão pulmonar em recém-nascidos, tais como hiperplasia muscular lisa rara ou desenvolvimento vascular pulmonar anormal, ou obstrução do fluxo de retorno devido a doença precordial complexa, a hipertensão pulmonar é mais difícil de tratar e mais difícil de curar. No entanto, a maior parte da hipertensão pulmonar neonatal deve-se a uma má adaptação vascular pulmonar, pelo que a maior parte da hipertensão pulmonar neonatal pode ser curada.