Após o transplante endotelial, os pacientes recebem geralmente quatro tipos de gotas oftálmicas, que podem variar ligeiramente para pacientes individuais com outros problemas oculares. Os quatro tipos de colírio são colírio antibiótico, colírio hormonal, colírio ciclosporino e lágrimas artificiais. Cada um destes quatro tipos de colírio tem o seu próprio papel a desempenhar na protecção da viabilidade do enxerto e na garantia do sucesso do procedimento. Em primeiro lugar, os antibióticos colírios são utilizados para fins anti-inflamatórios e antibacterianos pós-operatórios. As gotas oculares comummente utilizadas são as das salsaparinas e quinolonas. O uso de colírio à base de antibióticos antes da ferida ter cicatrizado completamente reduz o risco de infecção ocular. São normalmente utilizados durante um mês após a cirurgia e podem ser parados assim que a ferida tiver cicatrizado em grande parte. Gotas oftalmológicas hormonais e colírio ciclosporina, ambos medicamentos anti-imunidade, protegem a peça estrangeira transplantada de ser atacada pelo seu próprio sistema imunitário. As gotas oculares hormonais são capazes de neutralizar todos os meios do sistema imunitário do corpo e são normalmente utilizadas durante cerca de um ano. Contudo, ainda existem muitos efeitos secundários associados à utilização de hormonas a longo prazo, pelo que os médicos reduzirão gradualmente a dosagem e atenuarão os efeitos secundários, dependendo da gravidade da reacção de rejeição do doente. A ciclosporina, por outro lado, é um imunossupressor especializado que impede o sistema imunitário de produzir células que têm o poder de matar para atacar a peça transplantada. É iniciada após a cirurgia e é normalmente mantida muito tempo depois de as gotas hormonais terem sido interrompidas. Além disso, a própria ciclosporina tem um efeito supressivo na inflamação da superfície ocular. O último tipo é o das lágrimas artificiais, que são inerentemente viscosas e não têm conservantes. As lágrimas artificiais promoverão a reparação do epitélio corneal, reforçando a camada exterior das defesas protectoras do olho e, ao mesmo tempo, melhorando o desconforto associado às grandes bolhas de epitélio corneal. Além disso, as lágrimas artificiais hidratam e aliviam os sintomas de olhos secos.