O transplante de córnea foi um dos primeiros transplantes de órgãos bem sucedidos porque a córnea normal não tem vasos sanguíneos nem vasos linfáticos e o enxerto não é facilmente reconhecido pelo sistema imunitário do doente, pelo que geralmente não provoca uma reação de rejeição. Tal como a transfusão de sangue pode causar reacções alérgicas entre indivíduos, o transplante de córnea alogénico também pode causar rejeição imunitária, especialmente quando o enxerto é grande, durante a fase inflamatória, quando há neovascularização da córnea e quando há uma diferença significativa nos antigénios do tecido da córnea. Os linfócitos e os anticorpos atacam e rejeitam o enxerto, provocando degenerescência, turvação e cicatrização do enxerto, levando à cegueira.