As desvantagens da cirurgia do glaucoma referem-se principalmente aos riscos da cirurgia. Geralmente, a cirurgia do glaucoma pode desencadear complicações como descolamento da coroideia, glaucoma de bloqueio do anel ciliar e infecções intra-oculares nos doentes. O glaucoma é uma doença comum em oftalmologia, que é uma classe de doenças que causam defeitos no campo visual e atrofia do nervo ótico devido à elevação patológica da pressão intraocular. A principal desvantagem do tratamento cirúrgico dos doentes com glaucoma é a possibilidade de complicações pós-operatórias, como o descolamento da coroideia devido a uma queda súbita da pressão intraocular após a cirurgia e o glaucoma do tipo bloqueio do anel ciliar. Podem também ocorrer complicações como infecções intra-oculares se a cirurgia do glaucoma não for esterilizada de forma rigorosa ou se o doente não prestar atenção à higiene ocular após a cirurgia. Recomenda-se que as crianças com glaucoma visitem o hospital atempadamente para que o seu estado seja avaliado e tratado de acordo com as instruções do médico.