Os primeiros sintomas da encefalite em crianças são febre, dores de cabeça, náuseas e vómitos, com alguns doentes a experimentarem uma saúde mental deficiente, letargia e perda de apetite. Num pequeno número de crianças, a doença progride rapidamente e existe o risco de perda de consciência com sonolência, coma e mesmo convulsões num curto período de tempo. As crianças que são diagnosticadas com encefalite necessitarão de uma punção lombar para clarificar o diagnóstico baseado num teste do líquido cefalorraquidiano. Como existem muitas causas de encefalite, incluindo viral, bacteriana, fúngica e tuberculose, os resultados dos testes do líquido cefalorraquidiano são necessários para determinar isto e para fornecer um tratamento direccionado.