A causa mais comum de endocardite infecciosa subaguda é o desalojamento de um órgão supérfluo, que pode levar à embolia de vários órgãos e mesmo à morte. A principal manifestação de endocardite infecciosa subaguda é a formação de uma válvula redundante, que, dependendo da gravidade da doença, pode, se desalojada, causar embolia noutros órgãos, tais como embolia cerebral, embolia pulmonar, embolia renal e assim por diante. O embolismo pode levar a perturbações do fluxo sanguíneo, isquemia, hipoxia e necrose dos órgãos correspondentes, o que pode pôr seriamente em perigo a saúde humana. Portanto, se for diagnosticada endocardite infecciosa subaguda, deve ser dado tratamento anti-inflamatório e até cirúrgico para assegurar a saúde do corpo.