Há muitos organismos patogénicos que causam endocardite infecciosa subaguda, dos quais o verde palha Streptococcus é o mais comum, seguido pelos estreptococos do grupo D, incluindo Streptococcus bovis e Enterococcus, outros como Staphylococcus epidermidis e fungos, e o rickettsia e Chlamydia, embora presentes, são relativamente incomuns. O local principal da endocardite infecciosa subaguda é a válvula aórtica, sendo outras válvulas relativamente pouco comuns, provavelmente devido à maior quantidade de fluxo de sangue para a válvula aórtica. Como o endocárdio é uma parte essencial do fluxo de sangue através do coração, uma vez infectado, pode causar infecção em toda a circulação do corpo e pode facilmente levar a doenças como a sepsis, que, se não for tratada, pode levar a uma insuficiência cardíaca com risco de vida num curto período de tempo.