Leucócitos elevados na punção lombar não são necessariamente um sinal de encefalite. Leucócitos elevados na punção lombar não são apenas um sinal de encefalite; outros problemas do sistema imunitário podem também causar leucócitos elevados, pelo que o diagnóstico de encefalite não deve basear-se apenas nos resultados da punção lombar. A encefalite viral, que também inclui febre, dores de cabeça, e mesmo convulsões, e encefalite bacteriana pode também apresentar-se com várias destas condições. Os resultados de rotina da punção lombar cerebrospinal podem ser diagnosticados como encefalite se existirem glóbulos brancos elevados, especialmente leucócitos linfáticos, proteína elevada, e diminuição de açúcar e cloreto, combinados com sintomas clínicos. Deve ser feito um diagnóstico diferencial antes do tratamento e depois pode ser seleccionada medicação específica. Os tipos de encefalite incluem meningite séptica, meningite tuberculosa, meningite criptocócica, meningite auto-imune, etc.