O risco de cirurgia de malformação cerebrovascular pode variar de 3% a 5%, dependendo do grau da malformação. Um dos maiores riscos é o risco de ruptura e hemorragia durante o procedimento, uma vez que as malformações vasculares são, na sua maioria, lesões vasculares. A excisão, embolização e pinçamento podem ser efectuados nos vasos sanguíneos, e este modo de operação pode causar a sua ruptura, resultando em hemorragia intra-operatória, que é, portanto, o maior risco. Existe também o risco de que o tecido nervoso circundante possa sofrer alguns danos de tensão, que podem causar complicações posteriores, tais como epilepsia, dormência e fraqueza dos membros e disfunção da fala. Há também casos de epilepsia causados numa fase posterior pelo processo de descargas anormais produzidas após a malformação vascular. Portanto, para as malformações cerebrovasculares, é importante esclarecer a condição, operar cuidadosamente durante a cirurgia, concentrar-se no princípio da assepsia, e fazer as alterações correspondentes de forma atempada após a cirurgia, o que é um procedimento relativamente bom.