Em comparação com outras doenças, a pancreatite aguda grave tem uma certa regularidade no seu curso. Todo o curso da doença pode ser dividido, grosso modo, em 3 fases. 1. fase de reacção aguda: desde o início até cerca de 2 semanas, caracterizada por uma resposta inflamatória sistémica, frequentemente acompanhada de complicações importantes tais como choque, síndrome de angústia respiratória aguda (SDRA), insuficiência renal aguda e encefalopatia pancreática. Os doentes podem apresentar febre, falta de ar, dispneia, ritmo cardíaco acelerado, diminuição da pressão arterial ou mesmo choque, oligúria ou mesmo anúria, hemorragia gastrointestinal, irritabilidade, balbuciar ou mesmo coma. Alguns pacientes requerem intubação traqueal (incisão) com respiração assistida por ventilador, ou requerem terapia de purificação do sangue, enquanto outros requerem cirurgia de emergência. Devido à progressão da própria doença, o estado do paciente pode ainda piorar gradualmente após a admissão no hospital e até desenvolver falha de múltiplos órgãos, e um pequeno número de pacientes pode morrer durante esta fase. 2. fase de infecção sistémica: Após o paciente ter passado a fase aguda, a condição sistémica melhora gradualmente e haverá um curto período de “condição estável”. Contudo, neste momento, o paciente não pode ser considerado curado da pancreatite. Neste momento, existem mais ou menos complicações locais na área peri-pancreática, tais como fluido peri-pancreático, infecção necrótica, abcesso peri-pancreático e hemorragia. Alguns pacientes não necessitam de tratamento especial para complicações locais e podem ser curados pela sua própria absorção sob observação atenta, alguns pacientes podem ser curados por punção e drenagem, enquanto alguns pacientes necessitam de cirurgia de cesariana para complicações como infecção, abcesso, hemorragia e fístula intestinal. Devido à natureza especial da pancreatite, a lavagem e drenagem contínua durante 1-2 meses (ou mesmo mais) é normalmente necessária após a cirurgia. Alguns pacientes podem desenvolver complicações tais como hemorragia, abcesso e fístula intestinal após a cirurgia, por vezes requerendo múltiplos tratamentos cirúrgicos, e alguns pacientes podem desenvolver infecções fúngicas, falência de múltiplos órgãos ou mesmo morte. 3. fase 3 infecção residual: após 2-3 meses, as principais manifestações são a desnutrição geral e a presença de pus residual no retroperitoneu ou na cavidade abdominal. Nem todos os pacientes têm um curso de 3 fases, alguns têm apenas a fase 1 e alguns têm a fase 2.