Os doentes com esofagite de refluxo podem ser tratados com omeprazol, cujo principal efeito é inibir a secreção de ácido gástrico, aliviando assim o desconforto causado pela esofagite de refluxo devido ao refluxo ácido. A esofagite de refluxo pode ser desencadeada por medicamentos, consumo de álcool a longo prazo, tabagismo, alimentos irritantes, etc. É causada pelo refluxo do conteúdo estomacal, ácido estomacal, pepsina e bílis no esófago devido ao relaxamento do esfíncter esofágico inferior, enfraquecimento da barreira anti-refluxo da mucosa esofágica, diminuição da capacidade de limpeza do esófago, e atraso do esvaziamento gástrico. O omeprazol é um inibidor da bomba de prótons, um medicamento fracamente alcalino lipossolúvel, facilmente concentrado num ambiente ácido, actuando especificamente sobre as vesículas tubulares da membrana apical das células da parede da mucosa gástrica, bloqueando a secreção de ácido gástrico, causando uma grande redução do conteúdo ácido do suco gástrico, com um forte efeito inibitório tanto no ácido gástrico basal como na secreção de ácido gástrico induzido por estimulação, e alívio mais rápido da dor, para a esofagite de refluxo, e recomenda-se a combinação com medicamentos de motilidade pró-gastrointestinal, tais como morfolina, mosapride, etc. para melhorar a taxa de cura. Contudo, é de notar que o omeprazol pode ser tóxico quando tomado durante um período de tempo mais longo, com manifestações comuns tais como dor de cabeça, zumbido, sonolência, ansiedade e depressão. Por conseguinte, os medicamentos devem ser utilizados sob a orientação de um médico, e não cegamente por si só.