O tratamento mais eficaz tanto para os cálculos biliares como para as pedras da vesícula biliar é optar pela cirurgia, enquanto que para as pedras simples da vesícula biliar, principalmente pedras de colesterol, uma colecistectomia simples é suficiente. Em contraste, os pacientes com cálculos do ducto biliar têm, na sua maioria, cálculos da vesícula biliar em combinação, e os cálculos recorrentes do ducto biliar são propensos à obstrução do sistema biliar e mesmo à infecção, que em casos graves pode ser complicada por colangite grave obstrutiva purulenta aguda, que pode ser fatal. O tratamento mais eficaz neste caso é a descompressão biliar de emergência e a extracção de condutas biliares comuns, bem como a exploração detalhada para remover as pedras da conduta biliar intra-hepática. Após a cirurgia, deve ser colocado um tubo T para drenagem biliar, anti-infecção de rotina, suporte nutricional intravenoso e outros tratamentos sintomáticos, revisão regular da função hepática, imagens eletivas e remoção do tubo T.