As pessoas com endocardite infecciosa devem ser tratadas cirurgicamente se houver redundâncias, perfurações da válvula, lacerações ou cavidades de pus na válvula para evitar que as redundâncias se desalojem e causem embolia cerebral, renal ou do baço e para tratar a insuficiência causada pela lesão da válvula. A cirurgia cardíaca é aconselhável após a endocardite infecciosa ter sido controlada com doses elevadas de antibióticos fortes durante 4-6 semanas antes da cirurgia para evitar o risco de infecção cirúrgica, bem como edema de tecidos e fragilidade que podem ser fatais. No entanto, em casos de endocardite infecciosa que não podem ser controlados por fármacos e onde ocorre uma disfunção cardíaca grave e é necessária uma cirurgia de emergência, pode ser dada mais terapia anti-infecciosa intensiva após uma cirurgia de emergência para expulsar o foco infectado, substituir a válvula protética e remover a cavidade de abscesso para melhorar a função cardíaca com antibióticos fortes. Os pacientes e as famílias devem ser informados de que o risco de cirurgia quando a infecção não é controlada é muito elevado, e que a incapacidade de operar pode ser imediatamente fatal.