As pausas repetidas na respiração durante o sono podem levar a níveis altos e baixos de oxigénio no corpo, e a hipoxia intermitente pode ser prejudicial para vários órgãos. O sono profundo é significativamente reduzido e o sono fragmentado, uma vez que é necessário acordar do sono profundo para se poder salvar durante a apneia. Se esta situação persistir, pode causar danos graves a vários sistemas e até morte súbita. O sistema cardiovascular é normalmente afectado por hipertensão, insuficiência cardíaca, arritmias, doença arterial coronária e hipertensão pulmonar; o sistema nervoso por acidente vascular cerebral, declínio cognitivo e neurodegeneração; o sistema digestivo por refluxo gastro-esofágico; e o sistema endócrino por obesidade, diabetes e dislipidemia. Além disso, o risco de anestesia durante a cirurgia é muito elevado neste grupo de pacientes, com uma maior probabilidade de asfixia e mais complicações pós-operatórias.