A colonoscopia não é recomendada para doentes com determinados estados patológicos, como perfuração intestinal, peritonite, pessoas com aderências intestinais e estado de gravidez. A colonoscopia é um método de exame em que um colonoscópio é introduzido no íleo através do ânus, seguindo o trato intestinal, e as lesões do cólon são observadas do lado da mucosa. A colonoscopia não é recomendada para doentes em determinados estados de doença, como perfuração intestinal, peritonite, após múltiplas operações de coração aberto, com aderências intestinais, obstrução intestinal, choque, estado de gravidez, fase aguda de doenças inflamatórias do cólon, aneurisma da aorta abdominal, febre alta, dor abdominal intensa, perturbações cardíacas, pulmonares, renais, hepáticas e psiquiátricas graves e com preparação intestinal insuficiente. Em caso de desconforto gastrointestinal, recomenda-se que procure tratamento médico atempadamente e sob a orientação de um médico profissional, e que não o trate cegamente por si próprio, o que pode causar consequências adversas.