A espondilite anquilosante afecta cada pessoa de forma diferente. Caracteriza-se pela alternância de remissões espontâneas e exacerbações, particularmente nas fases iniciais da doença. O prognóstico é geralmente bom, uma vez que as lesões são frequentemente relativamente leves ou auto-limitadas, sendo a maioria dos pacientes capazes de trabalhar e estudar a tempo inteiro e não sobrevivendo de forma diferente da população em geral, enquanto uma minoria de pacientes pode mostrar actividade de doença persistente e desenvolver incapacidade grave desde cedo. Um mau prognóstico é frequentemente sugerido pelos seguintes factores: idade masculina de início ≤16 anos; envolvimento da anca; imunoglobulina IgA sérica acentuadamente elevada; incapacidade de controlar os sintomas da dor após 2 semanas de terapia com AINEs pesados; e a presença de sintomas extra-articulares tais como envolvimento cardiovascular, amiloidose renal, fracturas da coluna vertebral e outras complicações graves. O envolvimento da anca e a anquilose completa da coluna cervical são causas importantes de deficiência funcional. Nos últimos anos, a substituição da anca melhorou a perda parcial ou total da função nestes pacientes. Além disso, o diagnóstico e tratamento precoce da doença pode melhorar o prognóstico, e o tratamento precoce pode atrasar e adiar a progressão da doença e reduzir grandemente a incidência da anquilose espinal, pelo que os doentes com espondilite anquilosante devem levar a doença suficientemente a sério para se sentirem confiantes e cooperarem activamente com os seus médicos.