Se uma perfuração de medula óssea é dolorosa ou não depende da situação e não pode ser generalizada. No caso de um tumor ósseo, tal como um mieloma, que por si só pode ser doloroso, uma punção também será dolorosa neste momento. No entanto, a punção da medula óssea requer normalmente um anestésico local. Este anestésico, se administrado adequadamente e bem, é normalmente menos doloroso, mas quando a medula óssea está a ser extraída, a dor ocorrerá independentemente do tipo de anestésico, apenas o grau de dor variará. Pode ocorrer dor muito grave se o local da punção da medula óssea estiver localizado na localização de um tumor ósseo, como no caso de um paciente com um tumor ósseo. Se o médico que opera o procedimento não tiver uma boa anestesia local, então o paciente sentirá mais dor durante a punção da medula óssea. Há também alguns pacientes que têm uma tolerância diferente à dor, pelo que cada caso não é exactamente o mesmo.