O pénis criptorquídeo significa que o pénis está escondido sob a pele, o pénis tem uma aparência curta e a distância entre a abertura do prepúcio e a raiz do pénis é curta. O prepúcio é curto dorsalmente e longo ventralmente, com mais placas internas e menos placas externas. O prepúcio envolve o pénis como o bico de uma ave e não está ligado ao corpo do pénis. Se a pele à volta do pénis for empurrada para trás com a mão, o corpo normal do pénis pode ser revelado. Quando se palpa um sulco pouco profundo no aspeto dorsal da cabeça do pénis durante o exame, deve ter-se em atenção a possibilidade de uma laceração suprauretral concomitante. Muitos pénis criptorquídicos são secundários à acumulação de gordura na parte inferior do abdómen, especialmente gordura pré-púbica, em crianças obesas. Se a abertura do prepúcio for estreitada no caso de um pénis criptorquídeo, o quadro clínico é o mesmo que o do prepúcio. Apesar da sua semelhança com a fimose, o pénis criptorquídeo é uma condição completamente diferente. Em circunstâncias normais, é comum os bebés terem um pénis curto, o que é um fenómeno fisiológico, mas que vai crescendo gradualmente com a idade. Se o bebé crescer até aos 5-6 anos de idade, o pénis ainda não apresenta um aumento óbvio, parece um monte saliente, sobre o qual se encontra um tubo de pele macia, a abertura da extremidade dianteira é tão fina como um orifício, embora a micção ainda seja normal, mas o tubo de pele é aumentado ao urinar, este fenómeno é conhecido como pénis criptorquídeo no campo médico.