A amoxicilina pode tratar a diarreia mas não é recomendada porque não alcança o efeito desejado. A diarreia é geralmente causada por E. coli ou outras bactérias gram-negativas, e a amoxicilina visa principalmente as bactérias gram-positivas, pelo que a amoxicilina não alcança o efeito desejado. A amoxicilina pertence ao grupo de medicamentos da penicilina, que pode facilmente causar alergias e é recomendada a sua utilização com precaução. Geralmente, os antibióticos de quinolona, tais como norfloxacina ou ofloxacina, são preferidos para o tratamento de diarreia ou infecções intestinais. No entanto, antes de utilizar antibióticos, é necessário completar testes relevantes, tais como rotina de fezes, rotavírus, cultura de fezes, rotina sanguínea, bioquímica sanguínea e outros testes relevantes. Se a infecção for claramente bacteriana e a indicação de antibióticos estiver presente, então os antibióticos devem ser administrados.