A amoxicilina pode tratar amigdalite, que é normalmente causada por infecção bacteriana, e a própria amoxicilina tem um efeito antibacteriano de largo espectro e é eficaz contra a amigdalite. No entanto, algumas tonsilites crónicas são causadas pela ansiedade e pelo fogo, ou por comer alguns alimentos picantes e irritantes, o que pode levar à inflamação. Se houver pus nas amígdalas ou febre alta e as análises ao sangue mostrarem um aumento dos glóbulos brancos, é mais apropriado adicionar amoxicilina neste momento.