A incidência de encefalite em crianças pequenas tornou-se mais comum nos últimos anos, e os sintomas podem variar dependendo da localização da lesão e da idade e sexo da criança. Nas crianças com encefalite, sintomas sistémicos como febre, dores de cabeça, náuseas ou vómitos são mais comuns do que nas crianças com encefalite. As manifestações neurológicas da encefalite podem incluir convulsões, confusão, sonolência, paralisia transitória dos músculos do pescoço e da escápula, queda da cabeça e incapacidade de levantar os braços. As anomalias dos nervos cerebrais e dos membros inferiores são raras. Algumas crianças também desenvolvem atrofia muscular. Se a lesão ocorrer no tronco cerebral, a criança pode ter paralisia do nervo facial, dificuldade em engolir ou dormência nos membros. Existem muitos tipos diferentes de encefalite, por isso não é fácil distinguir entre os sintomas apenas. Cada criança tem sintomas diferentes e é importante consultar um médico o mais cedo possível se for detectada qualquer anomalia.