O ecocardiograma transesofágico consiste na colocação de uma sonda de ultra-sons no esófago para visualizar a estrutura e a função do coração. Proporciona uma visão mais clara de certas estruturas cardíacas, como o septo atrial, as válvulas cardíacas, os átrios e as orelhas, em comparação com um ecocardiograma transtorácico normal. O exame é adequado para: 1) doentes com febre crónica que suspeitem de endocardite infecciosa; 2) doentes com defeitos do septo auricular para os quais o ecocardiograma transtorácico não é capaz de determinar se podem ser bloqueados; 3) doentes com antecedentes de fibrilhação auricular que pretendam determinar se existem trombos auriculares e auriculares; 4) doentes com acidentes vasculares cerebrais recorrentes (trombose cerebral) que pretendam determinar se os trombos têm origem no coração. Os doentes devem ter o estômago vazio antes do exame e é também necessário um esofagograma de bário para excluir doenças como úlceras e tumores do esófago.