É preferível consumir enzimas após as refeições. As enzimas são o produto da fermentação de frutos e vegetais por microrganismos. Se as enzimas forem consumidas antes das refeições, o ácido gástrico aumentará e o apetite aumentará, resultando numa ingestão excessiva de alimentos e engorda. Além disso, se consumidas antes das refeições, algumas pessoas podem sentir-se desconfortáveis devido ao contacto entre a enzima e o ácido gástrico no corpo. No entanto, se consumidas após uma refeição, as enzimas podem ajudar a promover o peristaltismo intestinal, que é mais propício à digestão e reduz os sintomas causados pela indigestão. Beber enzimas após as refeições tem um efeito positivo na digestão e na perda de peso. No entanto, o consumo de enzimas a longo prazo não é recomendado. Embora as enzimas tenham efeitos positivos no corpo humano, o consumo de enzimas a longo prazo tornará o intestino humano dependente das mesmas.