É muitas vezes clinicamente improvável que um quisto de chocolate desapareça porque basicamente não desaparece sem tratamento clínico. Se tiver desaparecido após exame, é possível que haja um problema com o diagnóstico original e pode não ser um quisto de chocolate mas sim um quisto fisiológico, razão pela qual o quisto desaparecerá por exame ultra-sonográfico num ambiente clínico. Depois de uma mulher ter ovulado, o corpo lúteo é formado localmente no ovário. Como resultado da formação do corpo lúteo, durante a qual há uma pequena quantidade de hemorragia e aumento da pressão, pode desenvolver-se um cisto do corpo lúteo. Os quistos lutereais não excedem frequentemente cinco centímetros de tamanho e não causam quaisquer sintomas clínicos, e muitas vezes encolhem ou desaparecem após a menstruação.