O tratamento de cistos de endometriose no ovário inclui cirurgia e medicação. O tratamento cirúrgico em geral inclui a cirurgia laparoscópica e a cirurgia aberta. O tratamento cirúrgico aberto inclui o descascamento aberto de quisto de chocolate ovariano e a ressecção ad anexa aberta no lado afectado. A cirurgia laparoscópica inclui a remoção laparoscópica do quisto de chocolate do ovário e a excisão laparoscópica da adnexa afectada. Para quistos de chocolate ovarianos, o descascamento aberto ou laparoscópico de quistos de chocolate é geralmente escolhido se a paciente tiver requisitos de fertilidade e for uma mulher jovem. Para mulheres sem requisitos de fertilidade ou mulheres na pós-menopausa, a excisão da adnexa afectada pode ser considerada.