Existem certas diferenças entre endometriose e cistos de chocolate, as principais diferenças são as seguintes: em primeiro lugar, a endometriose refere-se ao tecido endometrial que aparece fora da cavidade uterina e é uma reacção de lesão; os cistos de chocolate referem-se ao endométrio que aparece nos ovários para formar cistos, estas duas doenças são produzidas em locais diferentes. Em segundo lugar, os quistos de chocolate são um sintoma de endometriose. Embora ambas as doenças produzam dor menstrual, a localização da dor é diferente: a endometriose localiza-se na cavidade pélvica e quando as relações sexuais têm lugar, produz uma reacção dolorosa significativa; os doentes com quistos de chocolate têm uma reacção dolorosa menos óbvia durante as relações sexuais. Em terceiro lugar, os métodos de tratamento das duas doenças são diferentes, e o local onde os medicamentos também funcionam é diferente, pelo que é necessário um exame atempado para determinar o tratamento correcto.