Os quistos de chocolate podem afectar a gravidez. Os quistos de chocolate ovariano são uma forma de endometriose ovariana, com aproximadamente 80% das lesões envolvendo um lado e 50% dos doentes com envolvimento ovariano bilateral. O endométrio ectópico causa hemorragias periódicas, que por sua vez provocam o aumento dos ovários e formam quistos únicos ou múltiplos. Os quistos tendem a ter 5-6 cm de diâmetro, sendo o maior de cerca de 25 cm de diâmetro. Os quistos contêm sangue castanho, pegajoso e velho que se assemelha a pasta de chocolate, daí o nome de quistos de chocolate ovarianos. Após a ruptura de um quisto de chocolate, o seu conteúdo pode irritar o peritoneu local, levando à inflamação local e à fibrose dos tecidos, resultando em aderências próximas entre o ovário e os tecidos circundantes, limitando o movimento do ovário fixado na cavidade pélvica e, se isto levar a aderências tubárias ou atresia, pode levar à infertilidade. Além disso, se um grande quisto endometriótico do ovário se romper, o seu conteúdo pode fluir para a cavidade pélvica e o doente pode sentir dores abdominais súbitas e graves, acompanhadas de náuseas e vómitos, o que pode levar a um abdómen agudo. Para quistos de chocolate maiores que causam infertilidade, o tratamento cirúrgico como a cirurgia laparoscópica para remover a lesão é uma opção, e a gravidez pode seguir-se o mais cedo possível. No caso de quistos de chocolate mais pequenos, que têm menos impacto na fertilidade, a gravidez pode ser activamente preparada sob a orientação de um obstetra.