Os quistos de chocolate são um tipo especial de quisto que se forma nos ovários como o chocolate. Representam entre 17% a 44% dos casos de endometriose e podem tornar difícil a sua concepção se não for realizada uma cirurgia. Em primeiro lugar, a endometriose é a causa da maioria da infertilidade em 1/3 de todos os casos e é verdade que a gravidez não é fácil com os quistos de chocolate, e mesmo após a gravidez existe o risco de aborto, pois a doença pode danificar a distribuição dos vasos sanguíneos nos ovários e reduzir a resposta ovariana às hormonas gonadotróficas, levando a um rápido declínio na qualidade dos ovos e interferindo com a fertilização dos mesmos. Isto pode também reduzir a resposta ovariana às hormonas gonadal e levar a um rápido declínio na qualidade dos ovos, interferindo com a fertilização. Em segundo lugar, embora os quistos de chocolate se tenham tornado um factor de infertilidade, algumas pessoas ainda podem engravidar, mas as hipóteses são baixas. Para proteger a saúde reprodutiva de uma mulher, os conselhos médicos actuais não recomendam a cirurgia antes do parto, mas sim um tratamento conservador com medicação. Os quistos de chocolate podem afectar a fertilidade, mas a cirurgia não é geralmente recomendada para os quistos de chocolate antes da fertilidade, mas se os quistos de chocolate de um paciente foram além dos critérios habituais, devem ser rigorosamente estereotipados e testados para evitar a infertilidade e o paciente deve ser tratado prontamente.