Os quistos de chocolate são propensos à infertilidade após medicação ou cirurgia. Se a infertilidade ocorrer, o principal tratamento é abordar a causa. Nos casos em que as trompas de falópio são inacessíveis, podem ser utilizados medicamentos ou cirurgia para desbloquear as trompas de falópio, uma vez que a maior parte da inacessibilidade das trompas de falópio é causada por inflamação. Podem ser administrados oralmente medicamentos anti-inflamatórios ou medicamentos chineses à base de ervas, tais como grânulos de Vajra Vine e cápsulas de Kun Fu Kang. Se o tratamento for para promover a ovulação devido a distúrbio de ovulação, pode tomar cápsulas de clomifeno ou comprimidos de letrozol oralmente. Se o efeito da medicação ou cirurgia não for bom, a tecnologia reprodutiva assistida também pode ser realizada para ajudar as mulheres a conceber o mais cedo possível.