A taxa de recorrência após cirurgia para quistos de chocolate é ainda muito elevada. A fim de prevenir a recorrência, o tratamento é frequentemente realizado com Tamiflu, que é geralmente administrado durante três a seis meses para prevenir a recorrência. Depois do DIU ter sido inserido na cavidade uterina, o endométrio irá encolher, causando uma redução do fluxo menstrual e eventual amenorreia, e as lesões da endometriose também irão encolher, prevenindo assim a recorrência. O DIU é válido por cinco anos e pode ser substituído por um novo DIU se o tratamento ou contracepção ainda for necessário após cinco anos.