O custo de uma perfuração de quisto de chocolate é de cerca de RMB 3.000-4.000, que varia de hospital para hospital e de região para região. Em geral, são efectuados regularmente vários testes antes da cirurgia aos quistos de chocolate, incluindo uma ecografia para compreender o tamanho e localização do quisto, um teste de leucorreia para compreender se existe alguma inflamação da vagina, testes de sangue de rotina, testes para doenças infecciosas, electrocardiogramas e os quatro testes de coagulação. Se não houver anomalias no exame, o cisto é puncionado sob monitorização ultra-sónica, com a via de punção concebida antecipadamente para evitar os grandes vasos abdominais e o canal intestinal. Normalmente o saco de cisto de chocolate é preenchido com sangue, e o sangue preguiçoso tende a tornar-se pegajoso quando extraído, pelo que é necessária uma lavagem e aspiração repetidas, e é injectado álcool anidro para endurecer o cisto depois de este ter sido aspirado. Tanto o desbridamento laparoscópico do cisto como o desbridamento aberto do cisto têm uma hipótese de recorrência, pelo que pode ser realizado um procedimento mais minimamente invasivo para perfurar o cisto de chocolate. Após a cirurgia, descansar durante um mês, evitar trabalho físico pesado, prestar atenção à higiene, melhorar a nutrição e ir ao hospital para fazer ultra-sons após um mês.