Os quistos de chocolate são uma manifestação de endometriose, mas a endometriose não inclui apenas os quistos de chocolate. A endometriose pode ocorrer noutras áreas que não o útero, mais frequentemente nos ovários bilaterais, o que pode levar a quistos de chocolate, e pode ocorrer no abdómen, incisão abdominal, vagina e colo do útero. Os sinais típicos de endometriose são menstruação dolorosa e hemorragia vaginal anormal. A endometriose tende a afectar a menstruação e pode também afectar a gravidez. Os doentes diagnosticados com endometriose precisam de ser tratados agressivamente e o tratamento mais comum para os quistos de chocolate é a cirurgia, seguida de medicação para controlar a menstruação para evitar a recidiva da lesão.