Os quistos de chocolate são uma forma de endometriose e são tratados clinicamente na grande maioria dos casos por cirurgia, com uma taxa de recidiva relativamente elevada após a cirurgia. A grande maioria dos quistos de chocolate pós-operatórios são tratados com Daphylline durante três ou seis meses, principalmente para prevenir a recorrência. Apesar disso, a recorrência ocorre clinicamente, com a grande maioria das recidivas a ocorrer cerca de um ano após a paragem da droga, pelo que é aconselhável fazer revisões regulares. Também se recomenda que no caso de quistos de chocolate, a possibilidade de recorrência pode ser evitada se o paciente for casado e é aconselhável ter um anel de Manorreia pós-operatório. Isto porque a Manorreia faz com que o endométrio pareça encolher para que a lesão ectópica também tenha encolhido.