O prognóstico da colangite biliar primária é determinado pela medida em que é diagnosticada precocemente. O prognóstico dos doentes com colangite biliar primária, se diagnosticada, é bom e o tempo de sobrevivência é semelhante ao das pessoas normais. Se não for diagnosticada e tratada atempadamente, a colangite biliar primária progride em média uma fase a cada 1,5 anos, desde a colangite até à cirrose, que é uma média de 6 anos. A função hepática, principalmente a fosfatase alcalina e a gama-GT, e o anticorpo de assinatura é um anticorpo anti-mitocondrial. Se houver colestase, função hepática anormal e anticorpos anti-mitocondrial positivos, estes doentes devem ser tratados precocemente para prevenir o desenvolvimento de cirrose. Uma vez desenvolvida a cirrose, o prognóstico é muito, muito pobre, semelhante ao prognóstico da cirrose da hepatite B e da cirrose da hepatite C.