Para estomatite afta recorrente, medicamentos orais como a colchicina, aminofeno, talidomida, etc. são normalmente administrados num período de quatro semanas. Para dores fortes, podem ser administrados os anti-inflamatórios não esteróides, dor anti-inflamatória e fenbendazol. Os casos graves podem ser tratados sistematicamente com glucocorticoides, como a prednisona. Também gargarejar com pastilhas de clorexidina a 0,5% ou solução composta de clorexidina. Tomar oralmente vitamina C e complexo de vitamina B para promover a cura das membranas mucosas. Os medicamentos chineses à base de ervas podem ser escolhidos de Kunming Mountain Begonia, bem como Clear Stomach San e Jade Maiden Decoction, que limpam o calor e o fogo, arrefecem o sangue e abrem os intestinos.