Os efeitos secundários da acupunctura a longo prazo dependem de cada pessoa, e algumas pessoas podem sentir dores, nódoas negras subcutâneas e desmaios com a agulha. A acupunctura deve ser praticada sob supervisão médica.
A acupunctura é segura e é um tratamento clínico da MTC comummente utilizado. Se os pacientes de acupunctura de longa duração estiverem psicologicamente sobrecarregados, a tensão emocional ao entrar na agulha pode sentir dor no local da agulha, o que também pode causar estagnação da agulha.
Alguns pacientes também podem sentir tonturas, náuseas e outros sintomas de desmaio da agulha se estiverem com muita fome, tensos ou ansiosos, e precisam retirar as agulhas em tempo hábil e tomar medidas de primeiros socorros.
Também podem ocorrer hemorragias e equimoses subcutâneas após a acupunctura, que podem ser aliviadas com a pressão de uma bola de algodão.
A acupunctura deve ser feita em instituições médicas regulares, não se deve operar cegamente por conta própria, para não causar reacções adversas.