A ecografia também pode ser feita durante a menstruação. Se estiver a sentir dores ou desconforto abdominal durante a menstruação, pode também fazer uma ecografia para verificar o estado da adnexa uterina e das cavidades pélvicas e endometriais. Contudo, se não estiver a sentir desconforto, é melhor fazer uma ecografia após o período menstrual ter passado. Isto porque a acumulação de sangue na cavidade uterina durante a menstruação pode ter um efeito no julgamento do endométrio, e o preenchimento da pélvis da mulher durante a menstruação também pode aumentar o tamanho do útero. Por conseguinte, a ecografia durante a menstruação é relativamente imprecisa, mas é possível fazer uma ecografia durante a menstruação se houver um abdómen agudo.