É importante não ter relações sexuais durante a menstruação, uma vez que a imunidade do corpo é reduzida devido a alterações nos níveis hormonais, o que pode levar a doenças se não forem tomados cuidados. Durante a menstruação, o colo do útero não está aberto e os agentes patogénicos podem viajar através da vagina até à pélvis durante as relações sexuais, levando à vaginite, endometrite, doença inflamatória pélvica e, em casos graves, a doença inflamatória pélvica pode levar à infertilidade. A contracção do útero durante as relações sexuais pode também levar a um aumento do fluxo menstrual e a períodos prolongados. Ao mesmo tempo, o endométrio que foi esfoliado durante as relações sexuais pode tornar-se ectópico fora da cavidade uterina com a contracção do útero, levando à endometriose, que se pode manifestar como dismenorreia progressivamente pior e mesmo infertilidade. A dismenorreia secundária é mais difícil de tratar e afecta a concepção. Se a medicação não for eficaz, a cirurgia pode mesmo ser necessária. As relações sexuais durante a menstruação podem também levar a anticorpos anti-espermatozóides positivos e, portanto, a infertilidade imunológica. Durante a menstruação é importante prestar atenção à higiene menstrual, manter a vulva limpa e seca e mudar regularmente os guardanapos higiénicos.