Como o nome sugere, a e-colonoscopia só pode ver o cólon, pelo que não se pode verificar o intestino delgado. Se quiser examinar o intestino delgado, é necessário fazer uma pequena cólonoscopia, mas isto é mais complicado, pelo que a maioria dos hospitais não a realizam. Em alternativa, pode fazer uma endoscopia em cápsula, que pode detectar quaisquer lesões no intestino delgado. A endoscopia em cápsulas envolve primeiro a preparação do intestino e depois a ingestão de um endoscópio tipo cápsula, que permite visualizar todo o tracto digestivo e captar imagens de lesões grandes e óbvias por computador. Se houver uma lesão que precise de ser biopsiada, o que o endoscópio em cápsula não pode fazer, ou se for necessário um procedimento microscópico, é necessário mudar para a microscopia do intestino delgado. Para pessoas com lesões do intestino delgado ou com suspeita de lesões do intestino delgado, é aconselhável fazer uma TAC abdominal ou uma refeição de bário, se necessário, sob a orientação de um especialista.