A colonoscopia é um método relativamente comum de exame auxiliar na prática clínica. A colonoscopia pode identificar lesões no intestino delgado, cólon e recto, tais como a presença de pólipos, úlceras, inflamação e hemorragia. A colonoscopia é uma ajuda muito útil na identificação de lesões intestinais, mas não é particularmente útil para lesões anais. Contudo, não é particularmente útil para as lesões anais porque a colonoscopia só pode visualizar a mucosa e submucosa do intestino, enquanto as lesões perianais, tais como abcessos e verrugas perianais, não podem ser identificadas pela colonoscopia, por exemplo, os abcessos perianais podem ser identificados pela ultra-sonografia perianal. Portanto, se ocorrer uma lesão anal, a causa da lesão pode normalmente ser identificada por ultra-som perianal ou por RM perianal em vez de por colonoscopia.