Uma colonoscopia não pode ser feita em qualquer altura. É necessário marcar uma consulta com um gastroenterologista ou um médico no Centro de Gastroenterologia para se poder fazer uma colonoscopia. Antes da colonoscopia, terá de preparar o seu intestino bebendo um laxante para limpar o seu intestino antes de poder inserir um tubo através do ânus para examinar a mucosa intestinal em busca de lesões. A colonoscopia é um procedimento mais complexo do que a gastroscopia, pelo que nem sempre é possível. É basicamente limitada à tarde de cada dia e o número de pacientes é normalmente limitado, pelo que deve consultar o departamento competente do seu hospital.