A maioria dos tumores mesenquimais são encontrados incidentalmente durante uma gastroscopia, mas alguns doentes chegam à clínica com hemorragia gastrointestinal. A maioria dos tumores mesenquimais gastrointestinais são benignos, mas alguns podem tornar-se cancerosos. A endoscopia por ultra-sons pode ser utilizada para identificar a origem do tumor mesenquimatoso e determinar se este se tornou canceroso. Se houver um risco elevado de cancro, a ressecção gastroscópica ou laparoscópica pode ser considerada. Se o risco de cancro for baixo, também pode ser revisto regularmente.