Os tumores mesenquimais do tracto gastrointestinal têm um certo fundo genético, mas isso não significa que se um dos pais tiver tumores mesenquimais do tracto gastrointestinal, a criança irá definitivamente ter tumores mesenquimais. De facto, não só os tumores do tracto mesenquimatoso gastrointestinal, mas todas as doenças que estão geneticamente ligadas, tais como o cancro do estômago e do intestino, são simplesmente ditas como tendo uma ligação genética. Se um dos pais tiver uma doença deste tipo, é mais provável que a criança tenha a doença do que a pessoa comum, mas isso não significa necessariamente que a criança a contraia. Pode também ser o resultado de uma combinação de antecedentes genéticos e factores adquiridos, tais como o estilo de vida. O fundo genético não pode ser alterado, mas os tumores podem ser prevenidos através de um estilo de vida saudável e de exames médicos frequentes.