Os tumores mesenquimais caracterizam-se por serem mais propensos à recorrência, o que está naturalmente relacionado com o tamanho do tumor primário, o local primário e o tratamento cirúrgico. Geralmente os tumores mesenquimais são malignos e a sua malignidade está relacionada com o tamanho do tumor e o número de schwannomas nucleares (que serão descritos no relatório de patologia). Os tumores mesenquimais com mais de 5cm devem estar acima de risco moderado e insensíveis à quimioradioterapia. A taxa de sobrevivência global de 5 anos para pacientes com GIST limitado que foram submetidos a tratamento cirúrgico é de 40-55% após ressecção completa, e a taxa de recorrência no quinto ano após a cirurgia é altamente variável, variando de 2-15% para tumores primários de baixo risco a 70-90% para casos de alto risco. Não existem marcadores de soro específicos para detectar a recorrência de GIST. Os locais típicos de recorrência de tumores são o leito cirurgicamente ressecado, o fígado e o peritoneu. As metástases pulmonares são raras. Por conseguinte, a prática padrão é realizar imagens (TC abdominopélvica) a cada 3-6 meses durante 5 anos de pós-operatório e avaliar anualmente a partir daí. As revisões pós-operatórias regulares e as recorrências podem por vezes ser removidas cirurgicamente se não invadirem um órgão vital. O imatinibe oral (Gleevec) é eficaz se as finanças o permitirem, mas muito caro.