A remoção cirúrgica do ovário pode ser considerada se o quisto de chocolate for grande e se tiver ocorrido compressão local ou torção do quisto, levando à necrose do ovário, ou se a cirurgia radical for viável em mulheres com mais de 45 anos de idade que não tenham necessidades reprodutivas.
A necessidade de ooforectomia com um quisto de chocolate no ovário está relacionada com a gravidade da doença. Se os quistos de chocolate forem pequenos e não tiverem um impacto grave na fertilidade, a remoção dos ovários não é normalmente necessária. No entanto, se o quisto de chocolate for grande e a função do ovário não puder ser preservada, se pressionar o ovário ou mesmo necrosar, ou se houver uma torção da ponta do quisto do ovário que leve à necrose, pode considerar-se a remoção do ovário.
Em doentes com mais de 45 anos de idade com endometriose grave, todas as lesões endometriais ectópicas no útero, nos anexos e na pélvis podem ser removidas e eliminadas. As doentes que não utilizam terapia de suplementação com estrogénios após a operação quase não têm recorrência.
Para a maioria das doentes com quistos de chocolate nos ovários, estes podem ser detectados e tratados precocemente, e há uma boa probabilidade de os ovários serem preservados. Para a mesma doença, pacientes com diferentes condições físicas e diferentes estágios da doença, os métodos de tratamento são diferentes, e devem ser regulados sob a orientação de médicos.