O ácido ursodeoxicólico pode ser tomado por via oral para algumas doenças hepáticas auto-imunes, mas é necessário prestar atenção à deteção da função hepática e recomenda-se a interrupção atempada da utilização do medicamento se houver reacções adversas. Existem três tipos principais de doenças hepáticas auto-imunes, nomeadamente a hepatite autoimune, a colangite biliar primária e a colangite esclerosante primária. A colangite esclerosante primária e a colangite biliar primária podem ser tratadas com ácido ursodesoxicólico. No entanto, o medicamento não é normalmente utilizado por rotina na hepatite autoimune. Durante o tratamento com o medicamento, recomenda-se que os marcadores da função hepática, como a alanina aminotransferase (AST) e a alanina aminotransferase (ALT), sejam testados regularmente. Em caso de reacções adversas graves, tais como diarreia intolerável, disfunção hepatobiliar grave, urticária, etc., recomenda-se a interrupção da utilização do medicamento e a procura de assistência médica imediata. O ácido ursodesoxicólico está contraindicado em doenças hepáticas auto-imunes associadas a alergia a medicamentos, colecistite aguda, obstrução biliar, ataques frequentes de cólicas biliares e comprometimento da função da vesícula biliar. O ácido ursodesoxicólico deve ser utilizado sob a supervisão de um médico.