As doenças auto-imunes do fígado incluem hepatite auto-imune, colangite biliar primária e colangite esclerosante primária, todas elas com características serológicas distintas e basicamente presentes com função hepática anormal, principalmente sob a forma de ghrelin elevada, ghrelin, glutamil transpeptidase e fosfatase alcalina. A hepatite auto-imune também apresenta anomalias de imunoglobulina, com globulinas elevadas e IgG elevada. Todas as 3 doenças estão associadas a anticorpos auto-imunes da hepatite tais como anti-gp210, anti-Sp100, anticorpos anti-mitocondrial, anticorpos anti-nucleares, e anticorpos positivos anti-músculos lisos. Na colangite auto-imune, em particular, um anticorpo positivo anti-mitocondrial tipo M2 é um marcador de diagnóstico mais específico, embora haja momentos em que o indicador não é tão típico. Se se suspeitar de doença hepática auto-imune, pode também ser feita uma biopsia hepática para sinais característicos como infiltração linfocítica, hepatite de interface e destruição do canal biliar.